Kolekcja rękopiśmienna przechowywana w Kórniku swoim charakterem i tematyką do dziś w pełni odzwierciedla pasje, idee i zainteresowania założyciela Biblioteki. Gromadzone księgi miały tworzyć wielką skarbnicę dzieł literatury narodowej oraz źródeł dokumentujących dzieje I Rzeczypospolitej. Intencją Tytusa Działyńskiego było ocalenie rozproszonych, wywiezionych i zrabowanych ksiąg, będących świadectwem dawnej świetności państwa polskiego.

Zbiór rękopiśmienny u swego zarania liczył zaledwie 80 woluminów, które młody hrabia odziedziczył po dziadku Augustynie i ojcu Ksawerym. Były to głównie dokumenty z archiwów rodzinnych: Leszczyńskich, Czarnieckich, Szembeków oraz cenne odpisy korespondencji i mów z XVII i XVIII wieku. Obudzona ok. 1816 roku pasja kolekcjonerska Działyńskiego miała już wkrótce doprowadzić do wielokrotnego powiększenia tego zbioru. Stało się to możliwe dzięki listom polecającym od księdza Teofila Wolickiego, które otworzyły młodemu magnatowi drzwi do wielkopolskich bibliotek klasztornych, głównie cysterskich, objętych pruską ustawą kasacyjną. Zebrane i ocalone przed rozproszeniem kodeksy stały się podstawą kórnickiej kolekcji pism sakralnych i teologicznych. Wśród nich na uwagę zasługują XIII- i XIV-wieczne Biblie, a zwłaszcza kunsztownie wykonana i bogato iluminowana miniaturowa Biblia francuska z końca XIII wieku, pisana drobną minuskułą gotycką na pergaminie welinowym. Znaczną część kolekcji stanowią XV- i XVI-wieczne kazania (sermones), średniowieczne traktaty teologiczne, mszały, piśmiennictwo zakonne, zwłaszcza bernardyńskie, a także polskie i francuskie brewiarze (godzinki, livre d’heures), czyli rękopiśmienne książki do odprawiania liturgii godzin rozpowszechnione w Europie od XIII do XVI wieku. Ozdobą kórnickiej kolekcji są XV-wieczne godzinki zawierające liczne bordiury, inicjały i miniatury dekorowane złotem, wykonane przez wybitnych francuskich iluminatorów.

Najstarszym rękopisem przechowywanym w Kórniku, pozyskanym najpewniej przez Tytusa Działyńskiego od wielkopolskiej gałęzi Radziwiłłów, jest pergaminowy kodeks z IX wieku Exposicio in regula Sancti Benedicti autorstwa opata Smaragdusa, uczonego magistra szkoły klasztornej w opactwie benedyktyńskim Saint-Mihiel w Lotaryngii. Zawiera komentarze do reguły św. Benedykta, a przede wszystkim unikatową wersję utworu Angilberta Versus de bella quae fuit acta Fontaneto, opisującego bitwę stoczoną pod Fontenoy-en-Puisaye między wnukami Karola Wielkiego w 841 roku.

Istotną częścią biblioteki Działyńskiego od początku były źródła i dokumenty do dziejów I Rzeczypospolitej: diariusze sejmowe, akta rokoszowe, korespondencja kancelarii królewskiej, a także dzieła heraldyczne i kroniki. W 1821 roku hrabia nabył niezwykle cenny zbiór dokumentów i akt urzędowych z archiwum Radziwiłłów w Nieświeżu, znany jako Acta Tomiciana, będący jednym z najwspanialszych zbiorów źródeł do panowania Zygmunta Starego. Został opracowany przez Stanisława Górskiego, sekretarza podkanclerzego koronnego Piotra Tomickiego, którego nazwisko użyczyło nazwy całej kolekcji. Do zbiorów kórnickich trafiły również liczne tomy korespondencji królów polskich od Zygmunta Augusta po Augusta III, XVI-wieczne diariusze sejmowe oraz kilkadziesiąt tzw. sylw szlacheckich (łac. silva rerum – las rzeczy), będących rodzajem kopiariuszy prowadzonych w kancelariach domowych, dzięki którym do dziś zachowały się kopie dokumentów często bezpowrotnie utraconych. Na uwagę zasługuje także zbiór akt procesowych między Polską a zakonem krzyżackim z lat 1339-1423, tzw. Litesy (łac. Lites ac res gestae inter Polonos Ordinemque Cruciferorum) oraz kronika Wincentego Kadłubka z 1455 roku, jak również XVI-wieczne odpisy kroniki Jana Długosza, obejmującej dzieje Polski do roku 1480. Innym cennym kronikarskim dziełem w kórnickiej kolekcji jest Chronica summorum pontificum imperatorumque Marcina Polaka z Opawy, która opisuje dzieje papieży i cesarzy aż do 1276 roku. Ciekawostką jest umieszczona w rękopisie miniatura przedstawiająca legendarną papieżycę Joannę.

Pewną część zasobu rękopiśmiennego stanowią księgi prawnicze, zarówno średniowieczne, jak i nowożytne, m.in. zbiory statutów gdańskich i chełmińskich. Ozdobą tej kolekcji jest pergaminowy, bogato iluminowany Kodeks Justyniana, powstały ok. 1300 roku, stanowiący jedną z trzech części wielkiej kodyfikacji prawa rzymskiego podjętej w latach 528-534 przez cesarza Justyniana I Wielkiego. Znajduje się w nim kilkaset miniatur inicjalnych i marginalnych ze scenami rodzajowymi obrazującymi różnego rodzaju wykroczenia i przestępstwa oraz codzienne czynności ludzi wszystkich stanów. Warto wspomnieć też o XV-wiecznym Kodeksie Działyńskich, zawierającym m.in. statuty wiślickie Kazimierza Wielkiego oraz unikatowy tekst polskiej pieśni o św. Stanisławie wraz z nutami.

Wśród średniowiecznych litterariów wyróżnić trzeba iluminowane i zdobione złotem trzy kodeksy włoskie zawierające dzieła Wergiliusza i Dantego, a także pisma Homera, Seneki i Cycerona oraz Retorykę Kallimacha z drugiej połowy XV wieku. Z kolei jednym z najcenniejszych zabytków języka polskiego i literatury polskiej jest Kancjonał Kórnicki, zwany też Kodeksem Hieronima. Powstały w kręgu bernardyńskim, mieści bogaty zbiór późnośredniowiecznych pieśni polskich: bożonarodzeniowych, pasyjnych, maryjnych, adwentowych, a także kilka modlitw do Jezusa i Matki Bożej. Zawiera między innymi najstarszy zapis kolędy Anioł pasterzom mówił, która jest przekładem łacińskiego tekstu Angelus pastoribus dicit. Cennym zabytkiem XVI-wiecznej polszczyzny jest również Żołtarz Dawida z 1528 roku – pierwszy polski przekład Księgi Psalmów, dokonany przez Walentego Wróbla na zlecenie wojewodziny poznańskiej Katarzyny Górkowej. W kolekcji kórnickich rękopisów staropolskich znajduje się szereg kopiariuszy zawierających wczesne odpisy utworów najwybitniejszych poetów polsko-łacińskich, m.in. Klemensa Janickiego i Andrzeja Krzyckiego, a także Wacława Potockiego czy Samuela ze Skrzypny Twardowskiego. Interesujące są zbiory anonimowej poezji politycznej, m.in. Wiersze i satyry ciekawe w czasie seymu oraz Wiersze polityczne i satyryczne z czasów saskich, barwnie prezentujące codzienność Rzeczypospolitej szlacheckiej.

Szczególne miejsce w kolekcji XVII-wiecznych rękopisów zajmują dwa bogato ilustrowane sztambuchy gdańskie, tzw. libri amicorum. Były to albumy małego formatu, do których przyjaciele i znajomi właściciela wpisywali sentencje i cytaty, a karty ozdabiali różnymi rysunkami. Zwyczaj posiadania sztambuchów rozpowszechnił się głównie na przełomie XVI i XVII wieku wśród uczonych, podróżników, profesorów i studentów, szlachty i mieszczan. Stanowiły one formę zachowania w pamięci krajów, które się zwiedziło, ludzi, których się poznało oraz wspólnie z nimi przeżytych chwil. W zbiorach kórnickich znajdują się dwa sztambuchy z pierwszej połowy XVII wieku: Michała Heidenreicha oraz Heinricha Böhma. Oba znakomicie odtwarzają atmosferę umysłową i artystyczną Gdańska, żywo obrazując szeroki wachlarz zainteresowań artystycznych, politycznych, społecznych, filologicznych ówczesnej elity umysłowej. Są wspaniałym źródłem do dziejów ubioru, gdyż ze wszystkimi szczegółami odzwierciedlają stroje mieszczaństwa i patrycjatu gdańskiego. Sztambuch Heidenreicha ilustruje duża liczba scen rodzajowych, ukazujących różnego rodzaju zabawy w ogrodach miejskich oraz liczne uczty i biesiady. Wiele z nich powstało w kręgu znakomitego malarza Antoniego Möllera (1563-1611). W sztambuchu Böhma natomiast wyróżniają się akwarele Adolfa Boya (1612-1680), m.in. przedstawiająca bitwę morską pod Oliwą, stoczoną w 1627 roku między flotą Zygmunta III a okrętami szwedzkimi.

Spektakularnym i głośno w ówczesnej prasie omawianym nabytkiem Tytusa Działyńskiego były rękopisy Napoleona Bonaparte, zakupione w Paryżu w 1822 roku, zgodnie z legendą za tyle złota, ile ważyły. Zbiór, oprawny w ciemnozielony welur ze srebrnymi pozłacanymi reliefami, zawierał autografy cesarza z lat 1793-1795, m.in. listy, zapiski wojskowe, memoriały, a także szkic powieściowy Clisson et Eugénie – unikatowy romans autobiograficzny Napoleona osnuty na tle nieszczęśliwej miłości do Eugenii Clary.

Kolekcjonerską pasję ojca kontynuował Jan Działyński, starając się powiększyć odziedziczoną kolekcję około 1000 rękopisów. Jego cennym nabytkiem było archiwum wielkopolskiego rodu Zarembów (XV-XIX w.), zawierające akta i korespondencję konfederacji barskiej 1768 roku, a także rękopisy słynnego staropolskiego pamiętnikarza Jędrzeja Kitowicza. Dzięki staraniom Działyńskiego zakupiono i uratowano przed rozproszeniem spuściznę Józefa Marii Hoene-Wrońskiego, wybitnego filozofa i genialnego matematyka.

Zbiór XIX-wieczny w Bibliotece Kórnickiej – obok ponad 8 tys. jednostek archiwum rodzinnego Działyńskich i Zamoyskich – to przede wszystkim bezcenny zbiór materiałów do dziejów Wielkiej Emigracji. Zachowały się dokumenty komitetu pomocy dla emigrujących powstańców listopadowych, utworzonego w Dreźnie przez siostrę Tytusa Działyńskiego, Klaudynę Potocką: spisy składek, korespondencja, listy osób objętych pomocą, rachunki, odezwy itp. Kopalnią wiedzy o życiu codziennym Paryża, Londynu i Wielkiej Emigracji są listy, dzienniki oraz raptularze Leonarda Niedźwieckiego (1811-1892) – sekretarza gen. Władysława Zamoyskiego, stenografa wykładów paryskich Adama Mickiewicza, nauczyciela jego córki Maryni, przyjaciela i powiernika Juliusza Słowackiego. Był to człowiek ciekawy świata i ludzi – towarzyski, obrotny, uczynny, bywalec salonów. Brał żywy udział we wszystkich sprawach emigracyjnych, interesował się zarówno zdarzeniami o ogólnym znaczeniu, jak i prywatnymi kłopotami i przeżyciami swych przyjaciół, dlatego jego zapiski są barwnym odbiciem życia Polaków na emigracji.

Najcenniejszą ozdobę kolekcji rękopisów XIX-wiecznych stanowią autografy najwybitniejszych poetów polskich epoki romantyzmu: Adama Mickiewicza, Juliusza Słowackiego i Cypriana Kamila Norwida. W zbiorach Biblioteki Kórnickiej znajduje się rękopis III części Dziadów oraz Pani Twardowskiej, które poeta osobiście podarował Klaudynie z Działyńskich Potockiej w Dreźnie, w latach 30. XIX wieku. Zachowały się również listy Mickiewicza pisane do Celestyny Działyńskiej, Stefana Garczyńskiego i Klaudyny Potockiej. Wraz ze spuścizną Niedźwieckiego trafiły do Kórnika autografy dzieł Słowackiego: Beniowski (pieśni I-V), Hymn o zachodzie słońca, Polska! Polska! O! królowa i Na sprowadzenie prochów Napoleona. Natomiast rękopis rozprawki epistolarnej Norwida z 1857 roku, O miłości ksiąg dwie, biblioteka nabyła od średzkiego kolekcjonera Franciszka Kosińskiego.

W archiwum rodzinnym Zamoyskich znajduje się wyjątkowa kolekcja akt, map i dokumentów dotyczących procesu o Morskie Oko, toczonego w latach 1883-1909, która w 2016 roku została wpisana na Polską Listę Krajową Programu UNESCO Pamięć Świata. Składa się na nią korespondencja prywatna i służbowa, maszynopisy urzędowe (protokoły, memoriały, wyroki), a także materiał kartograficzny i bogaty zbiór gazet, wycinków prasowych oraz druków opisujących wpływ działań procesowych na opinię publiczną. Całość dokumentuje bezprecedensową i uwieńczoną sukcesem walkę hrabiego Władysława Zamoyskiego, ostatniego właściciela Kórnika, o wcielenie Morskiego Oka w granice Polski.

W zbiorach Biblioteki znajdziemy również szereg spuścizn artystów, polityków, kolekcjonerów, ludzi nauki. Na uwagę zasługują kolekcje materiałów poetki Kazimiery Iłłakowiczówny (1892-1983), pisarza i poety Romana Brandstaettera (1906-1987), pisarza Leszka Proroka (1919-1984), rzeźbiarza Antoniego Madeyskiego (1862-1939), przedwojennego ministra rolnictwa Leona Janty-Połczyńskiego (1867-1961), regionalisty Ludwika Gomolca (1914-1996) i wiele innych. Ciekawą i cenną kolekcją są źródła do dziejów powstania wielkopolskiego (1918-1919), zawierające wspomnienia, relacje oraz unikatowe fotografie. Wypada również wspomnieć o wyjątkowym zbiorze dokumentującym działalność poznańskiego harcerstwa w latach 1912-1987.

Osobną kolekcję stanowi zbiór ponad 250 dokumentów pergaminowych opatrzonych pieczęciami, wystawianych przez królów, duchownych i możnowładców. Ponad połowa z nich to obiekty sprzed 1600 roku (najstarsze pochodzą z XIII wieku). Sygnatariuszami są polscy królowie (od Przemysła II po Augusta III), władcy Rosji i Prus, papieże, biskupi, członkowie rodu Działyńskich, rady miejskie itd.

Obecnie Biblioteka Kórnicka posiada ponad 15 tysięcy rękopisów.